据农业部组织专家会商分析，预计2009年全国农作物重大病虫害总体为偏重发生年，发生面积约60亿亩次，比上年增加5%左右。其中，小麦条锈病、稻纵卷叶螟、稻飞虱、水稻螟虫、草地螟、玉米螟、棉铃虫仍将严重发生，小麦赤霉病、稻瘟病、油菜菌核病有潜在流行威胁，玉米粗缩病、水稻条纹叶枯病等病毒病呈发生范围扩大、程度加重态势，东亚飞蝗等在重点蝗区仍将出现高密度点片。
针对今年农作物病虫将普遍偏重发生的严峻形势，农业部早在去年底开始，就组织各地开展了冬季病虫防控行动，加大了对重大病虫监测力度；从2月中旬开始，建立了发生与防控信息周报与发布制度；对于小麦条锈病等重大病虫，加强了工作督导和技术指导，确保各项防控措施落到实处。随着气温回升，各种病虫防治工作将陆续进入关键时期，农业部还将分类制定并印发重大病虫防控技术方案，召开会议进行专门部署，指导各地科学、有效地开展防控工作。
小麦病虫害总体程度重于上年，发生面积9.7亿亩次，比上年增加4.6%。其中，条锈病在西南、汉水流域、西北麦区偏重或大流行，黄淮海主产麦区有中度以上流行的可能，发生面积5000万亩以上；白粉病在西南、黄淮麦区偏重发生，发生面积1亿亩；纹枯病在长江中游、江淮、黄淮麦区偏重发生，华北麦区中等发生，发生面积1.3亿亩；赤霉病在江淮、长江流域、黄淮部分麦区可能偏重流行；穗期蚜虫在黄淮海及北方大部麦区偏重以上程度发生，全国发生面积2.3亿亩；吸浆虫在黄淮海麦区中等或偏轻发生，发生面积4000万亩。
水稻重大病虫害继续呈严重发生态势，发生面积14.8亿亩次，比上年增加6.5%。其中，稻飞虱在长江以南大部稻区大发生，发生面积4.4亿亩次；稻纵卷叶螟在江南、长江中下游、西南东部和华南部分稻区大发生，发生面积3.8亿亩次；水稻螟虫在华南北部、江南、长江中游、西南中北部和东北部分稻区偏重发生，发生面积2.65亿亩次；稻瘟病在西南、东北以及江南和华南部分稻区中等发生，发生面积8400万亩次；条纹叶枯病在长江中下游粳稻区呈大流行态势，北方稻区发生范围继续扩大，发生面积2200万亩；纹枯病在全国大部稻区偏重发生，发生面积2.9亿亩。
棉花病虫害总体程度与上年相当，发生面积约4.1亿亩次。其中，黄河流域东部和北部、长江中游及新疆棉区棉铃虫主害代偏重发生，鲁西北和新疆局部棉区大发生，全年发生面积1.05亿亩次；棉盲蝽在黄河流域和长江流域大部棉区偏重发生，发生面积8000万亩次；棉蚜在黄河流域棉区北部、西部和新疆棉区偏重发生，发生面积7500万亩次；棉叶螨在新疆棉区偏重发生，黄河和长江流域棉区中等发生，发生面积5000万亩次；烟粉虱在长江流域部分棉区大发生，新疆吐鲁番、和田等地偏重发生，发生面积2500万亩；枯萎病在黄河流域、长江流域棉区偏重发生。
玉米病虫害总体中等发生，发生面积8.3亿亩次。其中，玉米螟发生面积将达2.6亿亩次，一代幼虫在东北春玉米种植区偏重至大发生，华北、黄淮海和新疆中等发生；棉铃虫在华北、黄淮夏玉米种植区中等至偏重发生，发生面积5800万亩；粗缩病在黄淮、华北部分夏玉米种植区偏重发生，发生面积达1700万亩；大、小斑病在东北、黄淮、西南等部分地区中等发生，发生面积7900万亩；小地老虎等地下害虫在山西、河北、四川、云南的部分地区偏重发生，发生面积7400万亩。
杂食性害虫草地螟一代幼虫在内蒙古中部和西部、河北和山西北部、黑龙江大部大发生，内蒙古东北部、吉林和辽宁西北部、新疆阿勒泰地区等偏重发生，发生面积8000万亩；东亚飞蝗夏蝗在环渤海湾沿海、黄河中下游滩区和华北湖库蝗区中等发生，发生面积1260万亩，达标面积922万亩，与去年基本持平。河北沧州，山东东营、滨州，天津大港，河南开封等地可能出现高密度点片；新疆蝗区亚洲飞蝗中等发生，农区发生面积135万亩，阿勒泰、塔城局部将出现高密度点片；西藏飞蝗在四川、西藏、青海高海拔地区大部偏轻发生，发生面积150万亩，但金沙江、雅砻江河谷地带局部有大发生的可能；北方农牧交错区土蝗仍将在内蒙古大部、河北和山西北部、新疆天山北部和东部、黑龙江中西部、吉林和辽宁西部等地偏重发生，发生面积7000万亩次。
油菜病虫害总体中等发生，发生面积1.2亿亩次。其中，菌核病在长江中下游油菜产区偏重发生，西南大部、黄淮油菜产区中等发生，发生面积5200万亩；蚜虫在西南、长江中游部分地区中等发生，发生面积3600万亩。
马铃薯晚疫病在西南、华北、西北冷凉山区和华中局部地区偏重发生，华南、东北和内蒙古大部地区中等发生，发生面积2600万亩。
蔬菜、果树病虫害总体中等发生。其中，蔬菜病虫害发生面积5.0亿亩次，比上年增加10%-15%，露地蔬菜虫害重于病害，设施蔬菜病虫并重；果树病虫害发生2.3亿亩次，比上年增加7%-10%%，其中苹果腐烂病在陕西、山西、山东等老果区偏重发生，轮纹病在辽宁果区偏重发生，柑桔介壳虫、锈壁虱中等发生。
