KPI和目标管理虽然都是把目标加以数量化，但两者本质上最大的差异就是，KPI是比较策略性的，所以通常都是属于公司的重大目标；而MBO则不一定，但通常多数情况下、会偏向例行性的工作。
为达成今年度的营运目标，A公司上自总裁、总经理、各部门主管，到最基层的工作人员，早在年初之前就花了三个月以上的时间，即订出多数员工的KPI（Key Performance Indicators，关键绩效指标），并于每季追踪检讨。B公司为提升部门效率，创造产值，则是由每位员工设定了每月要达成的目标，以落实目标管理（Management by Objectives；MBO）。
乍看之下，两家公司谈的似乎是同一件事，就是把目标加以数量化。但是，KPI和MBO的在执行精神上，其实可以做出部分的区隔。KPI具备高度的策略性，一定是公司的重大目标；但MBO则不一定，就数量上而言，大多数会比较偏向于经常性或例行性的工作。
例如，总机订定每天接听电话时的效率及服务质量目标，通常如果没有达到，对公司营业可能不会有重大影响；然而，如果公司希望每年应该开发的新产品数量、时程表、质量与功能目标，若此数字的未能达成，就会严重影响公司的产品竞争力、客户订单数量、市场占有率，甚至于公司股价，进而对公司的营运策略能否成功产生重大影响。
根据上述，前者应属于目标管理，后者则为KPI。当然就重要性来说，KPI比较重要，因为通常KPI做得好，对公司在长短期获利、营运各方面就会有正面与积极的效果；反之，部分的MBO即使做得不好，对公司营运也不会有全面性的重大影响。
如何订出KPI与MBO？
所以有些企业在订目标时，可分成两个层次：KPI与MBO；KPI是依公司的使命、愿景、策略、关键成功因素等逐级展开；MBO则由各单位主管与部属针对部门运作或个人职责范围内所要负责的工作项目订定绩效目标。
举例来说，某企业在其KPI与MBO的区分上，副总、处长、协理级及其以上主管，因为要对公司的策略规画与执行承担成败责任，在其绩效考核内容上便没有所谓的MBO，而且是由KPI占其绩效项目的100%；副总、处长、协理级以下的经副理级，因为除了策略执行外还要监督所属部门的例行营运性工作，所以是KPI与MBO各占绩效内容的50%；而课、组长级，由于是以肩负例行性工作为主，所以MBO会占绩效指标的70%～80%，而KPI可能只占20%～30%。
至于基层员工则因其负责范围与策略性指针工作项目关系的强弱或深浅程度不同而有所差异，例如某研发工程师就会有KPI的绩效项目，并占30%～40%的高成分比重，但总机或数据装订传递人员等基层员工，则不会有KPI，例行性的MBO将占100%。
一个同时实施目标管理与平衡计分卡（BSC-Balanced Score Card）的组织，员工从上到下加起来或许会有上千个MBO，但最重要的KPI项目可能只有3～7个。一般来说，MBO多数是由员工根据自己的权责范围订定之，当然有时在订定过程中会参考主管的指示，但多数是由员工先行设定、再交由主管审核修正。所以在程序上，多数上来说是一种「由下而上」的方式。
完全不同的是，KPI是从组织的策略目标为出发点，一定是「从上往下」。通常是由总经理在组织的年度策略发展会议中讨论并订定公司（即总经理）的3～7 项KPI。之后在由各副总经理带领各自的团队，以协助达成总经理的KPI为前提下，订定各副总、处长、协理级的KPI。
落实KPI：逐级展开、层层挂钩
当然在时间限制下、在年度策略发展会议订定KPI时，不可能展开到基层执行单位。通常是由高阶主管带回各单位后再逐级向下设定，当然其中最重要的原则就是「逐级展开」。也就是说，下一级的KPI一定是以协助达成上一级的KPI为前提；如果下一级的KPI的达成无法确保上一层KPI的达成，就代表KPI的展开过程出现落差。
KPI在往下展开时，很重要的关键在于上下层彼此要能「挂钩」，就像是拎粽子，只要其中任何一个环节「脱钩」，对组织重大策略目标的达成都会有非常负面的影响。
从许多企业与组织的营运或绩效管理的实务面来看，当然有很多公司在绩效管理的定义与流程上，可能只有MBO，而完全没有所谓的KPI。但就实际面来看，在这许多的MBO中，其本质上一定会有策略性强与弱的区分，至于对企业经营成败、哪些MBO比较重要？就不需赘言了！相反的，有许多推行BSC与KPI的企业，也许就只有KPI；但是在员工的例行性工作上也会有一些在KPI以外的质量与效率的衡量指针。所以，无论定义与说法有何不同，在组织整体绩效的管理上，其本质与精神是类似的。
但是就以上所言，KPI与MBO就其策略性与例行性的差异，若是不做区分，在设定流程上，势必有所偏颇而造成部分疏失或效果不彰，是否应该有所取舍，当然就取决于企业绩效管理制度上的设计与选择了
