3.有11个市改变土地出让收入用途56.91亿元。其中：有6个市支出39.36亿元，用于高校新校区、会展中心、剧院、软件园等公共工程建设；有4个市支出9.68亿元，用于增加政府投资企业注册资本；有6个市支出3.26亿元，用于补贴公交公司购车、还贷、设立农业科研发展专项资金等；有7个市支出2.1亿元，用于弥补国土、城建等部门工作经费不足；有4个市违规支出2.38亿元，用于建设、购置办公楼、商务楼、职工住宅等。
审计指出上述问题后，有关地方政府已按规定收回并归还原资金渠道12.62亿元。
4.部分地方违规批地用地。其中：7个市未经审批征收并实际占用集体土地3.9万亩；4个市用地单位“以租代征”占用集体土地1.01万亩，用于酒店、旅游等非农项目建设；5个市未经审批新设和扩大各类开发区涉及用地19.1万亩；7个市用地单位未批先用土地3.18万亩(含耕地0.72万亩、基本农田0.27万亩)，其中基础设施项目用地2.32万亩，工业等项目用地0.86万亩；6个市依据自定政策或以解决历史遗留问题名义，将应以招拍挂方式出让的53宗0.19万亩经营性用地和220宗1.63万亩工业用地以协议方式出让；3个市的8家用地单位擅自改变0.28万亩土地的用途。
审计指出上述问题后，有关地方政府已按规定收回土地3.15万亩，没收、拆除非法建(构)筑物33.65万平方米，罚款1213.76万元，补办1.16万亩用地审批手续。
5.部分地方未按规定及时更新基准地价。国家规定：基准地价原则上每3年更新一次，并根据市场变化适时进行调整。截至2009年6月底，有5个市已超过3年未更新，其中3个市的土地市场价比其适用的基准地价超出了1倍以上。
审计指出上述问题后，有两个市已全面开展基准地价更新工作。
(二)土地开发整理方面。
1.有9个省区所属市县未足额征收、计提土地开发整理相关资金28.37亿元。其中：未足额征收新增建设用地土地有偿使用费5.82亿元，占应征金额的32.33%；未足额征收耕地开垦费3.19亿元，占应征金额的19.91%；未足额计提农业土地开发资金19.34亿元，占应计提金额的51.47%。
审计指出上述问题后，有关地方政府已按规定补征(提)土地开发整理相关资金12.95亿元。
2.3个省级2个市级1个县级国土、财政部门未按规定将9.18亿元土地开发整理相关资金纳入国库管理。
审计指出上述问题后，有关地方国土、财政部门正按规定进行整改。
3.有3个省级9个市级11个县级国土、财政部门改变土地开发整理相关资金用途20.94亿元。其中：用于城市基础设施建设9.46亿元；行政事业单位基本建设及经费支出4.01亿元；对外出借和投资1.21亿元；弥补地方财政预算缺口4148万元；征地拆迁补偿和土地储备等5.84亿元。
审计指出上述问题后，有关地方政府已按规定收回改变用途的土地开发整理相关资金2.93亿元。
4.抽查90个项目发现一些地方土地开发整理项目监管不严。
一是有11个项目因规划设计不科学、不充分而被迫中断施工或延期施工，已完工项目也因设计不科学而无法实现预期目标。
二是有14个总计投资1.11亿元的项目存在违规招投标、转分包或未实行招投标问题。
三是有6个项目与其他土地开发整理项目和农业综合开发项目存在重复申报情况，涉及项目资金9018.9万元。
四是有10个土地开发整理项目虚报多结工程款1023.72万元。
五是有20个土地开发整理项目因主管部门监督检查不力、施工质量不高、后期管护不到位等原因，造成一些损失浪费。
审计指出上述问题后，辽宁等地对参与土地开发整理项目设计单位的资质情况进行了全面清理和检查，新 疆等地对3个不合格项目拟定了重新选址方案，有关地方政府已收回虚报多结的工程款356.25万元。
5.少数地方新增耕地面积不实或多占少补耕地。
一是有119个土地开发整理项目通过编造虚假竣工验收资料、人为改变地类和数据等手段，虚报新增耕地1.35万亩。
