我国现行房地产税制中存在着复杂的问题。主要如下：

第一，房地产开发过程和交易环节税费复杂交叉，税费混乱，费挤税现象严重

我国目前的房地产税费体系中租、税、费混杂现象严重，具体表现在：（1）以税代租。城镇土地使用税作为土地有偿使用的一项措施，税项中含有租的因素，征税混淆了税收与地租的界限。（2）以费代税。对以划拨方式取得土地的内资企业征收城镇土地使用税，对外资企业免征此税，但外资企业须缴纳土地使用费（场地占有费），造成以费代税，致使内外资企业间税费并存。（3）以费挤税。目前，我国涉及房地产业的各种收费项目名目繁多，且费项总数远多于税项总数。仅从房地产开发企业的收费项目上看，有的地方各种收费（如城市基础设施配套费、商业网点费等）多达50多项。从收费比例上看，各项收费占销售收入的35%左右，相当于经营成本及费用的70%。

收费过多，造成了多方面的消极影响：一是导致房地产的高成本和高价格，严重扭曲了房地产商品的真实价值，直接加重了消费者的负担；二是使房地产开发者和消费者都对政府行为的规范性和稳定性产生怀疑，从而影响房地产开发规模和房地产市场繁荣；三是抑制了真正意义上税收的培育和成长，“费大于税”的状况使得国家税收政策难以发挥其作为经济杠杆的调节作用；四是收费权力属于基层部门，较为分散，且缺少约束，容易形成一种竞争收费的态势，直接扭曲了收费的性质，变成了部门创收，更容易孳生腐败。

据调查，我国城市涉及城建和房地产业的收费有几十项，其中有经过中央和省级相关部门批准的合规收费，也有一些不合规收费。其原因一方面是由于房地产税收体系不完善，所筹集的税收收入过少，而房地产税作为财产税的重要组成部分，其收入的重要性对于地方政府是不言而喻的，房地产收入的不足必然使地方财政捉襟见肘，而由于税收管理权限的过于集中，地方政府通过调整税收制度来增加收入几乎没有可能；另一方面政府通过基金、收费等形式筹集收入又是被允许的。因此，一些地方税就披上了费的外衣。同时，由于收费单位所有制和管理上的弊端，其具有很强的内在膨胀倾向，从而最终形成收费泛滥、费挤税的状况。

第二，税收政策不统一

目前，我国房地产税收制度采取“内外有别，两套税制并存”的政策。具体表现在以下4个方面：（1）两套所得税制。对内资房地产企业开征企业所得税，而对涉外房地产企业开征外商投资企业和外国企业所得税。（2）两套房产税制和土地税制。对内资企业开征房产税和土地使用税，而对涉外企业则只开征城市房地产税，并且仅对房产征税，对地产不征税。（3）城市维护建设税和教育费附加内外有别。对内资房地产企业开征城建税和教育费附加，而对外资房地产企业则不征收此项税费。（4）耕地占用税政策内外不统一。对内资企业占用耕地征收耕地占用税，而对外资企业却不征收。

第三，税负不公平

从计税环节来看，房地产税收集中在建设的增量方面，即在房产和地产的流通交易环节设置了主要税种，而在房地产保有期间设计的税种非常少，且免税范围大。这种典型的窄税基模式造成了明显的税负不公。交易环节的税费过于集中将提高新建商品房的价格，从而带动整个市场价格的上扬，制约市场正常的生产进程。另一方面，房地产保有环节税费种类过少，阻碍了土地有偿使用市场的建立与健全，大多数由使用者无偿取得的土地仍然近似无偿地被持有着，抑制了土地的正常交易，阻碍了划拨存量土地步入市场的进程，使得土地作为资产的要素作用无法得到发挥，土地闲置与浪费现象日趋严重。