佣金冲突
企业与投行可能产生的另一个冲突是投行的佣金问题。投行佣金一般按照融资额7%左右的比例收取，当然这个佣金比例不是一成不变的，依企业的强弱势而定。强势企业（比如典型的未来领袖型企业、深受资本市场追捧等等）的IPO项目会被所有知名投行争抢，因为做这样的业务会强化该投行的影响力及促进品牌价值的提升。所以，投行降低佣金比例也在所不惜，比如谷歌IPO支付给投行的佣金就降低到了3%。
除了现金佣金之外，投行还有其他收费方式，就是向企业要求直接获得股份或者认股权（这种做法以中小投行居多）。
直接获得股份，就是企业将承销费折算成股份支付给投行，由于这是发生在向监管部门提交招股书之前，所以相当于投行向企业进行了一次Pre-IPO投资（上市前私募股权投资）。
认股权（期权），就是投行获得一个权力，在企业IPO之后，投行可以按照发行价的一个溢价（比如溢价20%），认购一定数量的企业股票，然后投行在二级市场抛售以赚取差价收益。
如果是以股份方式支付佣金，多少会有利于发行价定价的提高。因为发行价定高一些，投行手中股票抛售价格也可能会高一些，获得的收益就会相应提高。如果是以认股权（期权）的方式支付投行佣金，则会更加促使投行有动力去压低发行价。因为如果发行价低，投行按一定溢价比例认购企业股票的价格也就低，进而在二级市场可能赚取更多的差价收益。认股权的收益甚至可能比获得的现金承销佣金多很多。
企业须未雨绸缪
巨人集团CFO何震宇在微博中对李国庆评论道：“IPO定价时，身为董事长，CEO的您和夫人是大可以否决投行的建议价！没有任何人能强迫您接受的。”其实不然，企业如果不接受，跟投行终止合作，一是融资时间耽误了，以后的IPO窗口情况如何很难说，而且企业需要重新审计又是一笔巨额的审计费；二是如果投行终止合作，外界可能会解读为企业有问题，投行不敢做了，对企业的不利影响更大。就是说上了“贼船”下来也难。
一位不愿透露姓名的资本圈资深人士表示，企业与投行利益冲突的关键在于，“投行做生意不是单一客户，企业端一家做一次，投资人客户端则是长期合作的，孰轻孰重？投行处于强势地位是必然，企业就是这个（弱势）地位，李国庆只不过敢于捅破这张纸”。
大成律师事务所李寿双表示：“金融这个东西是一个圈子的游戏，国外发行都是投行去卖股票的，卖的对象都是投行自己的大客户，投行更希望照顾自己的关系户，特别是，这些关系户跟投行还有其他业务合作，比如经纪业务、委托理财业务等。另外，现在投行也都做投资业务，所以它也希望自己入股价低一点。总体上，冲突还是比较多的。”
前述匿名资本圈人士表示：“除了发行价与佣金，投行会与企业产生冲突，其他基本就没有了。除非企业有重大事项隐瞒、财务造假等事情爆出，对投行声誉有影响。投行是需要帮助企业包装的，但所有事情如果没有如实呈报，法律后果是需要企业和股东自己承担的。”
为了解决在发行价和佣金方面与投行的利益冲突，企业需要从如下角度着手为自身争取利益：
第一，事先多了解即将合作的投行，特别是即将具体执行本企业IPO的团队人员。看看这个团队操作过哪些国内企业的境外上市项目，然后通过那些企业打听、了解一下这个投行团队人员的一些信息，比如他们口碑怎样？他们的谈判风格怎样？与企业是否有过摩擦与不愉快？等等。
第二，对投行的佣金的支付可采取“现金%2B股票”的方式。这种支付方式一定程度上可降低投行压低发行价的倾向性，因为投行事先获得了一部分股票，他们也会希望定价高一点，以使自己手中的股票有更高的溢价。
第三，为避免投行在定价方面的操纵，多参考国内其他境外上市企业及国外企业的定价方式及定价时的具体情况，以丰富自己的参照系。现行定价机制最大特点是，承销商在确定股票发行价格时充分利用了拥有的对股票差别分配的权利。承销商在股票分配上拥有极大的控制权，它可以不按照申报的数量比例配发，也可以不按照价格由高到低顺序配发。为了完全避免投行在定价方面的操纵，甚至可以采取荷兰式拍卖（dutch auction）的方式把定价权完全交给市场。荷兰式拍卖的基本原理是出价最高者得标、全部得标者都用最低的得标价买进。举例来说，如果有10个人要竞标四箱苹果，10个人的出价分别是30元、29元、28元、27元、26元、25元、24元、23元、22元、21元，则出价最高的4个人得到购买苹果的机会，而他们的买入价都是4人当中出价最低的27元。这样投行在定价及分配方面就减少了操纵的空间。
第四，IPO的发行价也需综合考虑，并非定价越高越好。对企业来说，把价格定低了，第一感觉是不划算，因为卖同样数量的股票，对原股东同样的稀释，融资金额少了。但公司上市不是一锤子买卖，还要看对公司长远的影响和创始人套现的影响。如果一开始就定得太高，大家都跑不掉，赚不到钱，公司股票的流动性会比较差，公司后续融资能力就会受到很大影响。稳步往上走的股价，加上交易量的配合，才能让散户和机构敢于参与。另外，因为创始人都有锁定期，公司股价整体往上走的态势，会让创始人宣布套现部分股票时，对股价的影响不会太大。
第五，可考虑为自己聘请一个IPO顾问。IPO顾问远比企业家要了解金融市场，而且立场不像投行，是完全站在企业家的立场，会为企业家作通盘的考虑与权衡。而且，IPO顾问争取到的利益，会远比支付给顾问的成本要多。
