随即，查尔斯开始着手发展科氏公司当时最大的业务——原油采集。他大量购买货车和货运公司，同时还建造和购买输油管道。弗雷德对查尔斯的做法大多支持，不过由于年龄和健康的缘故，弗雷德相对保守。有一次，在弗雷德即将出国旅游前夕，查尔斯提出要购买北达科他州的两家原油货运公司，弗雷德只同意了购买一家。但等他一启程，查尔斯立刻把两家公司都买了下来。弗
雷德得知这件事后大发雷霆，但最终还是原谅了查尔斯，因为这两笔收购的确给公司带来了高额回报。后来，弗雷德完全把公司放手交给这个积极进取的儿子，并对他说，“只要不卖公司，你怎么办都行。”
1963年，查尔斯被任命为科氏工程公司总裁。1967年，弗雷德心脏病发作去世，查尔斯接替父亲成为公司董事会主席兼首席执行官。
科氏四兄弟中的老三大卫与老四比尔是一对双胞胎。大卫与查尔斯相处比较融洽，1970年加入科氏工程公司，先是担任技术服务部经理，随后成为科氏工程公司的总裁。而比尔从小就对二哥查尔斯心怀不满，他觉得父亲太偏心。
1980年，比尔等到了一次机会，计划将查尔斯从董事会中排挤出去。没想到查尔斯提前得到了消息，在取得大卫的支持后，他说服部分股东在关键时刻转向自己，彻底打破了比尔的计划，并随后将其解雇。以11亿美元的价格买下了比尔和大哥弗雷德里克的股份后，查尔斯和大卫获得了公司的控制权。
不过，这件事情还没完。不久后，比尔就后悔了，他觉得自己拿到的钱实在太少了，于是把哥哥告上法庭。在花费数百万美元的律师费后，比尔没有得到想要的补偿。接着，他又把矛头对准了公司，控告科氏集团用谎报采油量等方法从美国土著印第安居民手中盗窃自然资源。
这场兄弟间的争斗持续了20多年，被媒体戏称为“该隐与亚伯的战争”。直到2001年，漫长的官司才终于结束。
无人能及查尔斯
“在谦虚谨慎、诚实正直、尊重他人和创造价值等方面，无人能及查尔斯·科克。”
查尔斯说，自己一生有两个愿望：“一是建立一家伟大的公司，二是探索、了解繁荣和社会进步背后的规律”。而他独创的MBM理论（以市场为基础的管理模式）正好可以将两者完美地结合起来。
作为一名工程师，查尔斯认为经营公司的艺术可以浓缩成一些可衡量的精确规则，“繁荣只可能在这样的系统中产生：产权被清楚和正确地界定和保护，人们可以自由发表言论、自由交易和自由订立合同，价格能够自由引导有市场利益的行为。”在他看来，把这些促成社会繁荣的规则运用到一家企业里，也会产生很好的效果。
查尔斯自创的MBM理论，通过“愿景、品德和才能、知识流程、决策权、激动”这5个维度，研究人类如何通过有目的的行为最好地达到目标，为各个组织成功应对发展和变革中遇到的种种挑战提供原则和方法。
在查尔斯看来，公司的管理者们应该思考的问题是：“我们做了行之有效的研究了吗？制订了科学的开发项目计划了吗？我们有自己需要的员工吗？我们为将来制订了正确的规划了吗？”而不是“多挣了一分钱还是少挣了一分钱”。
40多年来，查尔斯一直坚持对学术研究和公共政策研究的支持，为许多诺贝尔奖得主提供帮助。他还协助建立了许多基于市场原则的组织机构，包括人文研究所、卡托研究所、乔治·梅森大学美国市场研究中心、权利法案研究所和MBM研究所等。2007年，他出版了一本专门讲述MBM理论的书：《做大私企》。
沃尔玛家族的继承人罗布·沃尔顿对查尔斯的评价很高：“我的父亲山姆·沃尔顿曾强调基本的为人之道很重要，是成功的基础所在，如谦虚谨慎、诚实正直、尊重他人和创造价值。在这些方面，无人能及查尔斯·科克。”
