孟山都被批评最多的一点，是它的转基因作物不能“留种”：农民购买了孟山都的转基因种子，第一年作物的产量会大大提高；但如果他们来年播种自己留下的种子，作物产量将一代不如一代，甚至不如普通种子。这样，农民就必须每年花钱购买转基因种子，从而给孟山都带来源源不断的利润。
这是否与孟山都“让农民节省更多”的口号相悖？面对利益与道义的拷问，艾博文的解释是：对于玉米，自然生物特性决定了商业玉米种子——无论转基因种子还是普通种子——都需杂交得来，自留种会影响来年收成，因此农民自然不会留种；而对于孟山都的其他主要业务方向——大豆和棉花，“不能自留种”的确是出于利益保护的考虑而采取的措施。在美国，购买孟山都转基因大豆和棉花种子的农民需要签订“不能自留种”的协议。这么多年，违反协议的人很少，真正被孟山都起诉上法庭的案例不超过20起，基本是迫于其他农民的举报而不得已为之。
在商言商。艾博文并不避讳谈到孟山都的“技术保护系统”：“对于公司来说，每年投入大量研发费用，如果不能获得商业回报，就不能持续投入新技术。”
虽然有人批评这种“技术保护”实际上就是垄断，但也有专家认为这种做法无可厚非。黑龙江农科院专家张瑞英表示：“孟山都在转基因作物研制方面投入了几十亿美元资金，技术优势即便形成垄断，别人也没法说什么，因为这是巨资投入的产物。孟山都的技术成果应该受到保护。”
从化工企业到横跨农业、生物科技、制药的多元化企业，再到一家100％纯农业公司，横跨了110年历史的孟山都经历过数场转变。
2000年，刚经历过数次收购、财务状况不算很好的孟山都不得不接受药业巨头法玛西亚普强公司的收购要约。那时候，农业部门在整个孟山都公司中的业务比重并不大，也不是吸引收购者的亮点——法玛西亚普强看中的是孟山都拥有的一种抗关节炎药物。理念的背离导致分手，2000年10月，由原农业部门分解出来的新孟山都公司在纽交所重新挂牌上市，成为一家纯粹的农业生物科技公司。两年后，孟山都与法玛西亚普强分拆，正式独立。
在华尔街的投资客们对这一新技术普遍不看好时，把所有赌注都押在转基因技术上，无疑是非常冒险的。时任孟山都c E o的亨得里克·韦菲利说：“世界上没有一家公司像我们这样，把赌注全部压在了生物科技的未来上。”
那是孟山都最艰难的日子。在转基因技术上的投资已达数十亿美元，但还未能看到回报。2002年一年中，孟山都的股价下挫近50%。
好在，孟山都押对了宝。在此后全球农产品价格持续上涨的环境中，孟山都的高产量转基因种子和除草剂受到了农民们的欢迎。金融危机前，孟山都的股价在5年时间里飙升超过10倍。时至今天，全球已有1400万农民种植着大约1.34亿公顷的转基因作物。
不过，目前孟山都的研发资金并没有被全部用在转基因技术上。“种子方面的研发投入的确占到总投入的90％，但并非全部用来研究转基因技术。常规育种和转基因技术大概各占一半，两条腿走路。”艾博文介绍道。“粮食安全”与“粮食主权”目前孟山都在中国还处于战略投资阶段，支撑孟山都坚持下去的是中国农业未来诱人的市场预期。
研发力量的巨大悬殊可能是很多国家不愿向孟山都开放市场的原因之一。由于没有势均力敌的本土竞争对手，对孟山都任何一个产品的准入，都可能导致该市场一夜之间被孟山都鲸吞。
