权属纠纷的不确定性
立立电子早在2007年就向证监会递交了IPO申请材料，于2008年3月5日通过发审会审核，5月6日获得IPO核准批文并完成资金募集。但是，立立电子的上市一直备受社会质疑，被认为掏空另一公司浙大海纳资产并二次上市。证监会在接受举报后，调查发现立立电子在2002年部分股权交易程序上有瑕疵，存在权属纠纷的不确定性。
2009年4月3日，证监会发审委在会后事项发审委会议上撤销了立立电子IPO核准批复，并要求将全部募集资金连本带利退还投资者，开了证券市场IPO申请先批后撤的先例。
信息披露质量差
创业板首批上市公司神州泰岳曾在2008年冲击中小板未果，在2009年9月24日的网上路演中，神州泰岳董事长王宁对投资者表示，中小板未通过是因为“对审核所关心的问题理解不充分，回答陈述不够清楚，信息披露不够完整，导致委员有不同意见。但是公司本身不存在持续盈利能力及规范运作方面的问题”。
有不少拟上市企业，申请材料未按规定做好相关事项的信息披露。申请文件以及招股说明书准则是对信息披露的最低要求。由于投资者更看重企业未来的盈利能力，上市企业在信息披露时，应当坦诚相待，尤其是对投资决策有重大影响的信息，无论准则是否明确规定，申请人公司均应披露。否则，如果在发审委会议上被发审委委员当面指出问题要害，对上市过程的危害性反而更大。
在另一例个案中，某申请企业在成立之初设计了一套“动态股权结构体系”，把内部员工股东分为三档，股东每退一个档次，折让50%的股份给公司，作为公司的共有股权。为此，公司出现了股份代持和多次内部股权转让，但申请材料中对历次股权转让的原因披露不准确、不完整，且未披露股东代持的情形，上市最终失败。
财务会计问题
主要指企业滥用会计政策或会计估计，涉嫌通过财务手段粉饰财务报表。
2009年12月23日被否决发行申请的华西能源工业股份有限公司，在上市前就遭到上海国家会计学院教师郑朝晖(笔名夏草)的质疑。2006年到2009年上半年，公司营业收入及净利润呈增长态势，但是同期的应收账款及存货量同样高速增长，而预收账款大幅下降。应收账款的上升意味着同期经营活动产生的现金流并没有增加，且大量的存货将影响未来收益。
夏草还指出，华西能源职工的薪酬和所得税费用在报告期内逐年下降，一般而言，如果企业营业收入处于持续增长时期，这两项指标应该逐年上升。综合多种疑问，表明华西能源有操纵报告期内收益的嫌疑。
因此，企业如果在准备上市的过程中出现业绩滑坡，应当暂缓上市步伐，待经营好转以后再择机上市。如果企业股东迷恋于股市火爆的“创富神话”或者迫于资金短缺的压力铤而走险仓促上市，难免偷鸡不成倒蚀把米。
独立性问题
未过会的东方红航天生物技术公司，据其招股说明书所知，在2006年、2007年的前两大客户中，上海寰誉达生物制品有限公司系公司董事邱斌配偶张莉控股的公司，2006年销售第二大客户上海天曲生物制品有限公司系邱斌控制的公司，其销售收入占航天生物同期销售收入的80%以上。虽然航天生物已经声明上述两家公司已在2009年开始注销，但是仍然难免利益输送嫌疑。
而对苏州通润驱动公司被否的质疑声，则是根据招股说明书显示，其兄弟公司常熟市千斤顶铸造厂为其主要供应商，报告期内，2006～2008年来自铸造厂的采购金额在总金额中的占比一直高达12%以上，上市前的2009年上半年才降至9.1%。而且通润驱动的董事、监事均在关联企业任职。
企业运营不规范
企业运营不规范往往表现为内控机制薄弱。内控机制是企业管理层为保证经营目标的实现，而制定并组织实施的一套政策、制度、措施与方法，对内部人员从事的业务活动进行风险控制和管理。财务核算混乱是内控机制薄弱的常见体现，如原始会计报表与上市申报材料报表存在重大数据差异等。另外还包括资金占用、管理层未尽到勤勉尽责的法律义务等问题，这些都是企业运营不规范的体现。
被举报其他问题
证监会发审委往往会以“补充公告”的方式宣布取消对该公司发行文件的审核，做出这一决定的原因多半是“尚有相关事项需要进一步落实”，但是并不对外公布详情，往往引发坊间对当事公司的种种猜测。
上会前数小时被取消上会资格的同花顺，失利的主要原因是同花顺涉嫌“虚假宣传炒股软件，诱骗股民投入资金升级软件”而被举报，存在影响发行的问题。作为监管部门的证监会，如果有举报就会尽量核实。
企业在日常经营活动中发生纠纷在所难免，主要是看企业处理纠纷的应对能力。而且，取消这次上会资格，并不意味着企业不能再次上会。待企业补齐材料后可重新上会，并可能顺利通过。如同花顺在2009年9月24日被取消上会资格后，于11月2日再次上会并通过发行申请，并于12月25日在创业板挂牌交易。
中介报告瑕疵
企业IPO一般要聘任中介机构，如保荐机构、会计师事务所、律师事务所、资产评估事务所。IPO的成功与否，除了企业的基本素质之外，还包括中介机构的专业能力以及服务质量。
中介报告瑕疵往往见于评估报告、审计报告及律师报告。如评估报告未经具备评估资格的评估师签字，或者相关评估机构不具备评估资格，均可被发审委认为是无效评估报告，评估结果便不能作为企业某个经营活动的依据。
企业在上市过程中也可能变更会计师事务所，要注意审计报告的签名、签字是否有错。律师报告同样如上述情况，一定要找有经验的审计、律师、评估部门参与企业上市，否则就是花小钱坏大事。
