一个插曲是，早在进入中国时，总部虽表示对谷歌中国团队寄予厚望，但不允许其工程师在国内随意访问某些源代码。据曾就职于谷歌美国总部的人表示，做出这个决定的是谷歌工程部的一名高管，且此举并非出于个人利益，而是意识形态使其对中国心存芥蒂。当时，李开复正忙于应付微软的诉讼，虽与施密特就此事进行过探讨，却没顾得上将争论到底。一个更为著名的“自由斗士”是创始人谢尔盖•布林（Sergey Brin），在俄罗斯长大的他对政府内容审查非常反感。
这种始终存在的意识形态分歧，加之中外商业环境和游戏规则的迥异，为谷歌中国今天的命运埋下伏笔。一个大概无人愿意承认的死结是：谷歌中国越想成功，就越必须本土化；但其越本土化，越可能背离总部的想法和做法；而越听从总部的安排，越难以本土化，也就越难以成功，最后还是无法得到总部谅解。
在2008年下半年和《环球企业家》谈及“谷歌创始人之一布林公开对中国表示不满”一事时，李开复曾表示：“他是一个技术天才，想到什么就说什么。盖茨也会说这些，所以不用特别在意。中国的决策还是由埃里克来做。”
作为对营收直接负责的职业经理人，显然施密特更能平衡意识形态与商业利益间的关系，但谷歌中国团队仍需在其中进行巧妙而职业的沟通。一个不为外界所知的故事便是2005年10月的台湾地图事件。
当时，一个在谷歌总部实习的工程师收到一封用户邮件，对方宣称谷歌地图中台湾被标注为“中国一省”是错误的，该实习生没做太多思考就将这几个字去掉了。此事旋即在中国引起轩然大波，用户的强烈抗议和政府压力让谷歌中国措手不及，在将地图恢复原状后，还须向中国监管机构和网民致歉。虽然谷歌中国认为道歉理所应当，在总部这却是一个问题。如果道歉言辞不当，就会给持异见者新的攻击口实。
绞尽脑汁后，负责处理此事的谷歌中国高管用中、英文撰写了意思相同的两封信，先交给总部审阅，通过后再递交中国监管机构。其中的奥妙是，这两封看上去表达完全一致的信，在“policy”这个关键的单词上，中美两边都可按照自己倾向的方式解读——在中文里它可以被翻译为“法规”，而在英文中则可被理解为“法律”。也就是说，在中方看来，谷歌中国为没有遵循中国国情而道歉，美国总部则认为道歉是因为没有遵守一国法律，自然不便置喙。
过去几年中，这种微妙而艰难的平衡在李开复的小心经营下一直维系着，直到2009年6月“涉黄”事件将矛盾推向新高。这大概是ICP牌照问题之后谷歌中国经历的最艰难时刻。一位离职不久的谷歌前员工对本刊表示，在ICP牌照后所有退出中国的传言中，李开复和谷歌中国管理层仅对“涉黄”事件引发的骚动作出过正面回应。“他说谷歌肯定不会撤离中国，请大家放心。”
这件事的严重程度不言而喻。据说，李开复为此找到美国商务部部长骆家辉，通过美国商务部和商会等渠道与中国监管机构协商解决。最终，双方的妥协结果是屏蔽Google.com，同时中止Google.cn的联想词搜索业务，并进行整改。
看上去，谷歌中国再次化解了危险，但其中潜藏的问题再次凸显。对谷歌总部而言，将美国商务部这样带有政治色彩的力量牵扯进商业事件并不值得嘉许，对中国监管机构而言，这种求援同样让人不快。
类似事件的累积终于将李开复置于“不如归去”的境地。据熟悉谷歌的人表示，李开复为争取市场份额曾在2009年上半年申请一笔资金做营销，谷歌总部本来就反对营销、坚信只要产品足够好就能吸引到用户，更因经济危机停掉全球所有市场招聘预算，这个要求自然绝无可能满足。最终，此事成为压倒李开复的最后一根稻草。
据说李在离职前曾带领一批高管拜访多名中国监管机构高层，而在本刊最近一次采访李开复询问其在谷歌的遗憾时，他的回答是没有更早、更坚决地让谷歌总部高层理解中国的具体现实。
