显然，这种组织管理方式不仅粗放，而且容易助长销售人员的短期行为。于是，方太经过半年时间的酝酿，决定在组织管理上采用分公司制来代替销售员承包制。为避免因全盘否定销售员承包制而出现集体倒戈，以及新的分公司制一时难以完全对接市场所带来的经营风险，方太没有一刀切，而是采用“一厂两制”模式，让新旧两种组织和业务模式并存，把不能适应公司发展需要的区域销售员承包制转变为分公司制，而那些不阻碍公司发展的优秀区域则依然保留。这样，方太的分销组织在竞合中得到优化。
到2002年，市场竞争异常加剧，方太不得不重新审视竞争对手和分销模式，发现“一厂两制”已不能适应流通业态的变革，需要导入第三方物流等专业化运作。为此，方太将分公司制转型为实地销售组织，剥离和整合非销售职能，把二级法人分公司制调整为专注于销售职能的实地虚拟办事处制。
但在分销组织管理创新过程中，常常牵涉到利益分配问题，若处理不当，可能出现内乱。为此，茅忠群说：“我们没有采用突变式变革，而是顺势而为，采用渐进式变革。这样时间跨度比较长，变革比较平稳，就不会出现强制性变革所带来的很多问题。”
研发组织导入IPD
据茅忠群介绍，以前在研发组织管理的架构上，方太和国内大多数企业一样，采取的是以某个主设计师负责整个项目的直线式组织运作模式，各产品部门负责各自的研发。但在产品线日益增多和公司不断壮大的情况下，诸多弊端也开始暴露出来，如研发效率不高，技术、生产、采购、市场等部门之间的协调变得日益困难。
为此，茅忠群对研发组织管理进行了变革，引进IPD（集成产品开发）管理模式，即建立以产品线为牵引，以能力中心为依托，以跨部门开发小组为基础的研发组织架构，由此形成由PDT（产品开发小组）、IPMT（集成组合治理委员会）两大跨部门小组和PDT流程、市场治理流程两大流程构成的研发管理框架。这样，整个研发系统生成以研发人员为主的能力部门和以临时项目团队组成的产品部门两大块，其中一般以研发人员或产品经理为项目负责人。
在这种组织架构下，方太确定了统一IPD业务流程，包括概念、计划、开发、验证、发布和生命周期6个阶段流程，以及业务决策评审、技术评审、项目治理等8个支持性子流程。这样，由技术、生产、销售、服务等部门人员组成的不同产品开发小组，可以在开放的空间里协同运作，避免了按直线性的事业部组织划分所带来的各自为政弊端。
但在IPD实施过程中也面临一些难题，因为中国人习惯于直线型领导，对虚线性的跨部门领导常常感到难以接受。为此，公司对员工进行了大量培训和宣传，以转变产品开发组织模式和员工的角色认知观念，同时果断采取“拆墙行动”，将各开发部门办公室之间的墙拆掉，并按PDT运作特点重新布局办公环境。茅忠群坦言：“这个创新的研发流程变化很大，需要能力部门和产品部门相互密切配合。我们导入这个流程就花了两年，再花了两年不断优化，现在按照这个流程来做，无论一年开发多少新产品，都会井井有条。其实，企业文化的本质就是一种习惯。通过不断优化管理流程，并把它转变成一种文化和习惯，这样很多问题就解决了。”
