赵新先坚持认为自己是遭到了三九内部人的陷害：“诬告者”以赵在大龙健康城项目上有1亿收购资金去向不明使赵被调查，但查来查去“这笔钱找到了”，结果检方只能以赵收购健康城项目“滥用职权”收场。赵的说法中，有“欲加之罪何患无辞”的意思。但针对赵不承认的“三九财务管理混乱”，一位三九集团前员工认为，赵案的复杂性远非媒体已经公开的事实那么简单，“要找出十万、二十万元的漏洞并非不可能。”
另一推测是，2004年，三九集团深陷资金链危机，赵虽然被免职，但其旧部在集团内仍举足轻重，国资委委派的赵的继任者多感掣肘。于是，“拿掉”赵及其三位部下(包括三九集团副总裁、三九药业总会计师)成为当务之急。
这一推测看上去较为合理。赵被免职时，国务院国资委评价他“四十年如一日，为我国的医药事业、为三九企业集团的发展，做出了突出贡献”，若视此为缓兵之计，意欲秋后算账，未免显得小题大做。欲重组三九，赵新先在三九的影响则必须消除，而赵的“贡献”已被先期肯定，因此只能择其小端薄治之。同时，“滥用职权”暗含了对赵多年来的多元化扩张恶果的总评，有些微言大义的意思。
法院认定，“在收购项目未经正式评估，未经三九企业集团党委研究，也未按规定上报国家计委会同有关部门审批的情况下，被告人赵新先擅自代表香港三九公司与林清渠在香港梁达坚律师楼签订了《股权收购协议》”、“致使三九集团遭受特别重大损失”。三九集团并非仅因这一项目的区区4.7亿元陷入泥潭，媒体曾经广泛赞誉的三九“一人机制”(赵一人说了算)也并非自此项目始。1996年至2001年间，三九并购企业140多家，涉及医药、地产、食品、酒业、汽车、酒店等八个行业，按照赵新先2003年所公开承认的，“非药业收购的成功率远远低于制药行业”，对赵的指控在这些并购中应该不难找到对应者。因此，错则全错，对则全对。全盘否定赵新先非有司所愿且于法无依，择其小端赵又不能服膺，结果或如为赵作无罪辩护的田文昌所言：“法院判决虽认定被告人构成滥用职权罪，但从量刑看，赵某于宣判后两月便刑满到期，其他三被告人则在宣判时已刑满释放，体现出辩护人的观点实际被司法机关采纳的事实。”无论如何，“当务之急”已经解决。
事实上，就“一人机制”而言，赵新先至今认为“这是军队遗留下来的传统”。三九集团隶属解放军总后勤部时“一人机制”形成，之后三九集团先后划归中央企业工委、国资委，赵新先曾分别请示是否延续此种决策机制，答复不是肯定就是不明确。辩护律师在辩护词中也指出：“2000年三九收购该项目时，中央企业工委尚未成立，三九集团执行的还是在军队时的管理机制，出于一贯的做法，在决策时没有报批。而且，在军队管理体制下，并未向三九集团下发过有关项目报批的文件，致使赵新先并不了解关于报批的规定。”赵退休时，三九集团仍然是“总经理负责制”，没有董事会。
而全盘否定赵新先的另一难处在于，这将脱离罪行认定本身而进入“多元化利弊”的业务讨论。赵新先坚信多元化是“亚洲企业的必由之路”，日本、韩国乃至台湾、香港的著名企业概莫能外;企业发展有高潮有低谷，赵退休前，三九只是在经历“低谷”而非“垮台”，且“低谷”亦非多元化导致。
2007年9月，赵新先刑满被释。2008年10月，《中华人民共和国企业国有资产法》颁布，对国有企业的决策程序作了规定，高管造成国有资产重大损失者将被免职并追究法律责任。虽然法条尚嫌含混，终究算是有法可依。褚时健案之后，国企管理者年薪制出台，如果此种因果成立，则赵新先催生了另一部法律。
不过，赵至今坚定的一点是，收购健康城项目用地正是走出低谷、重振三九的关键举措之一，如非银行停贷挤兑，前途未可限量。按照大龙健康城的开发规划，“一套别墅1000万，100套就是10个亿。”赵对身边的人说，“现在看，我当年的决策非但没有给国家造成损失，反而可能令国有资产大大增值。”
2004年，赵新先退休后，王石曾经对《中国企业家》评价三九集团的多元化。“像赵新先这样‘软着陆’的(与褚时健直接贪污相比)，你查不出什么问题来，只是企业已经变成了一个空架子—企业不是我的，我就可着劲地往大了玩儿。如果你给赵新先40%的股份，他绝对不可能这么经营企业。”在王石看来，如果两害相权取其轻，褚时健式的危害要比赵新先这样的小得多。据说，赵新先也曾表达过对王石此言的意见：他说给股份是好意，但是多元化并不是我的发明，是必由之路。
对多元化的认识见仁见智，关于国企管理者持股，赵新先与王石意见一致。2003年11月，赵新先在搜狐网与网友聊天，有云：我认为我们亟待解决的问题就是激励机制，年薪制不是根本，一定要从体制上、股权期权来解决这个问题。我们上市公司的老总，承担了法律责任、政治责任、经济责任，但是他所得到的是跟企业效益不挂钩的回报，太不公平了。上市公司所有的管理都到位了，所有的责任都到位了，就是这个激励机制不到位。最重要的是要解决马儿吃草的问题。这次聊天的最后，当网友问及企业家理想，赵变得慷慨激昂：作为一个企业家，如果单单是为了钱来拼搏、来管理、来发展，我认为这样的企业家肯定是不会成功的。像盖茨，如果他要追求钱早就够了，但是他现在还在拼搏和奋斗，他是为了他的事业。他的事业既是个人的又是国家的，又是民族的。所以作为中国的企业家来讲，不管是我们这一代，还是二十来岁年轻的一代，都应当有爱国之心，都应当有为民族、国家去奋斗的远大理想，才能把自己鼓励起来，调动起来，把自己的一生在这样的主题下管理起来。
有可靠消息称，2007年，华润全面接盘三九后，对大龙健康城这块“烫手山芋”一直不轻言放弃。最近，正在酝酿重新启动，拟开发高档住宅和豪华酒店等。可资对照的是，与大龙健康城毗邻的东部华侨城项目2004年开发，3年建成，如今已蔚为大观，成为深圳一个观光休闲的新亮点。
如果诚如赵新先所愿，大龙健康城项目复活成功，会是对他一个迟到的安慰?抑或是他“翻盘”的契机?
阴雨绵绵，在南方医院，赵新先刚过了68岁生日。无人操办，自己也没有声张。赵在大连尚有年过九十的父母，自谓仍须打工以尽孝养。除受聘担任深圳清华大学研究院中药、天然药物研究中心主任外，赵还是南京小营药业的顾问。熟悉他的人称，以赵的人脉与能力，其经济状况应该不比“正常人”差，参照系不同而已。
