2007年9月，周和时任奇虎360安全卫士事业部负责人的傅盛一起接受新浪采访时，尚表示奇虎在社区搜索中取得很大技术积累，并将360视为建立奇虎影响力和品牌的方式。但此时，360已崭露头角，下载次数超过一亿，周也意识到360比社区搜索更迎合用户需求。据360投资人之一、高原资本合伙人涂鸿川对本刊表示，2007年底时奇虎内部已将注意力集中到360，360也在那时起飞。
更大的转折点在2008年。当年3月，周鸿将众多用来试错的“实验室产品”削减整合成专攻社区的奇虎、专攻资讯的奇酷和专攻安全的360，各自独立运营。此前，为探索市场需求，也因为聪明人常有的兴趣广泛问题，周旗下至少有四五个业务线，包括社区搜索、SP无线，甚至还有面对中小企业的。周亲自主抓的是曾让其在百度面前败走麦城的搜索业务。
确定“三驾马车”战略的同时，奇虎正式放弃社区搜索，转型为类似百度知道的问答网站。2008年5月过后，360用户越过一亿人的关键门槛。周鸿真正重视起这个随性而生的业务，甚至开始专门学习安全技术。那时奇虎成立已近三年，360的成功和潜力让很多人眼红。
对长期处在公司边缘的360团队而言，周的重视本应是绝佳机会；但与此相反，与很多始料未及的成功一样，分裂不可避免。2008年8月，360核心人物傅盛和技术总监徐鸣同时离职。傅对外给出的理由是有了“新的选择”，但了解双方的人都知道，傅与周之间的分歧随着周对360的日渐重视一路加深。
尽管奇虎公司成立一年多便融了一大笔钱，傅盛带领的360团队因为不是主要方向，打拼得非常艰苦。据说，不管是人员待遇还是人员配备，360团队都是最差的，最初的技术人员甚至只有傅一人。而360刚推出时因“流氓软件”的案底，反响并不好。傅的一个朋友打电话问他为什么要做这个产品：“金山、瑞星只要跟进，360不到一年就没了。”瑞星确实在2006年9月推出查杀木马的同类产品“瑞星卡卡”，但此后长时间内再无更新。
如今的周鸿对安全领域的理解已颇为深刻，但他2008年刚开始干预360业务时，因此前从未接触安全领域一线而并不专业。其时的周与傅之间必然因此产生矛盾，据知情人透露，当时一些傅认为很重要的东西并不能得到周的认可，反之亦然。比如，周认为应该不断推新产品，而傅认为先要不断加强老产品的功能，因为在团队尚未完全成长成熟时，不断推新产品的代价是可能轻易丢失老产品阵地。而且，用户过亿时360团队也只有20人左右，一旦推出很多新产品，核心数据的运营会成为弱点。
另一个可能造成摩擦的是周对产品细节的干预。现在，周鸿每天都看用户的帖子和博客，跟很多人聊天，特别注意对方的只言片语。如果有人说到360有什么缺点或是提到新东西，他一定会记下来细究。虽然他也在有意识培养员工来做这样的事，还是忍不住会对产品提出意见和批评：“成功公司里CEO一定是最大的产品经理，就像苹果的乔布斯还是很关注产品细节。”可以想见，对没有任何支持也做出国内第二大客户端产品的原360团队而言，周事无巨细的干涉多少会引起不快。
傅盛离职三个月后，出任经纬创投副总裁。做了十个月风险投资（VC）后，离开经纬的傅因与360间18个月的竞业禁止协议，转而出任图形图像软件公司可牛影象CEO。直到现在，周鸿与傅盛二人仍不愿在公开场合评价对方，但不乏侧面交锋。比如，在被本刊问及是否会对被投公司干预太多时，周的回答是：“我投资的公司都独立运营，不像有的人那样投资着投资着自己就去做CEO了。”显然，这是影射傅盛。
言辞上的小小对阵并不算什么，在傅的竞业禁止协议到期数月后，他选择重回熟悉的安全领域：“这是个很大的，并且面临着安全服务互联网化和基础化这种巨大变革的市场。我毕竟在这个行业做了很多年，对用户需求有一些理解，我自己对此也很感兴趣。”傅对本刊表示。不久后，他将被贴上“老东家周鸿的直接对抗者”这一新标签，而其团队包括了此前360的技术和推广骨干。
